Kökten Bağlar, aynı çatının altında fakat birbirinden ayrı iki toplumsal ve fiziksel yapıyla çevrili olan Nesin Köyleri ve Nesin Vakfı örnekleri üzerinden permakültür meselesine odaklanıyor. Kendi kendine yetebilen toplulukların inşası, çocuk yetiştirme, gıda krizi ve atık yönetimi başta olmak üzere güncelliğini hala koruyan ve gelecekte de muhakkak koruyacak olan birçok meseleye mikro ölçekte kısa bir bakış atıyor.